Historie Žacléř je spolu s Trutnovem, Dvorem Králové a Hostinným nejstarším trvale osídleným územím Trutnovska. Za svůj pradávný vznik vděčí procházející zemské Slezské stezce, která spojovala Trutnov s Vratislaví. Pro ochranu této stezky byl pravděpodobně ještě ve 13. století na skalní ostruze vystavěn hrad Scheczler (Žacléř), který dal základ vzniku nového sídla - vsi, později města Bornflos - Bärenstadt - Schatzlar - Žacléř. Předpokládá se, že hrad vznikl v průběhu kolonizace Čech za vlády Přemysla Otakara II, někdy kolem roku 1260. První písemná zmínka o hradu je z roku 1334, kdy ho král Jan Lucemburský se svým synem Karlem zastavil Bertholdovi z Lípy.
Současně nebo jen s malým odstupem byla u hradu Schatzlar založena farnost, jako důležitý předpoklad kolonizace. Pravděpodobně na stejném místě jako dnes byl asi na konci 13. nebo na počátku 14. století postaven dřevěný kostel. Protože první kolonizace byla německá, platilo i v Žacléři Přemyslovci vydané "německé právo", kdy k faře patřilo tolik půdy, že byla soběstačná. V Žacléři to bylo ve 14. století 18 hektarů polí a luk a ještě další lesní pozemky. V roce 1677 byl Jezuity, na místě zchátralého (původního?), postaven kamenný kostel. Ten byl stejnými majiteli výrazně přestavěn v barokním stylu v roce 1732 a vysvěcen jako kostel Nejsvětější Trojice. U kostela jistě od prvopočátku stála fara. Původní dům shořel při velkém požáru v roce 1782. Na jeho místě byla postavena v letech 1791-1793 v klasicistním stylu současná fara (čp. 2) .
Významný zlom pro masivnější rozvoj města přinesla průmyslová revoluce a s ní spojený zájem o černé uhlí, které se v této lokalitě v nevelké míře těžilo již od roku 1570, ale teprve s otevřením hlubinných dolů došlo i k rozvoji města. První dvě šachty byly zřízeny již koncem 18. století. Těžba kulminovala s přivedením železnice do Žacléře. Na rozvoj těžby uhlí navazovaly další provozy. V roce 1842 byla založena textilní továrna. Tehdy se jednalo teprve o druhou přádelnu lnu v celé rakouské monarchii a vůbec první bez vodního zdroje energie. V roce 1878 byla založena porcelánka, která je jako jediná ze všech průmyslových podniků v provozu až do dnešních dnů. Pivovar, tradiční český podnik, byl údajně založen již roku 1609 a v poslední podobě roku 1932 byl uzavřen. Ve městě se v různých dobách nacházely: palírna, sodovkárna, výrobna octa, vodní mlýny (v Prkenném Dole), po několik staletí sklárny (především v Bobru) a papírna (v Prkenném Dole) - vůbec asi první opravdu "průmyslový podnik" na území "velkého" Žacléře, zmiňovaný již dokonce v 16. století.
Žacléř
Pro Žacléř byly velmi typické (podobně jako pro další krkonošská hornická města) dřevěné domy-roubenky. Město bylo pravděpodobně v 17. a 18. století tvořeno výhradně tímto typem staveb. Do dnešních dnů se zachoval poslední dům na Rýchorském náměstí.
Bobr
Kolonizace zdejšího území v 16. století podpořila vznik dalších obcí. Podle úřední listiny sepsané dědici majetku Kryštofa Gendorfa z 4. července 1565 byla právě v tu dobu založena ves Bobr podél stejnojmenného potoka. O tom, že Bobr nebyl skromnou vsí, svědčí fakt, že nynější , již tradiční žacléřské lokality, jako jsou Betlém a prostory současného sídliště B.Němcové, patřily ještě v 1. polovině tohoto století právě do katastru Bobru.
Černá Voda
Podobně jako Bobr se vyvíjela obec Černá Voda, která vznikla v polovině 16. století při německé kolonizaci Čech, ale zástavba nikdy nedosáhla takového stupně jako v sousedním Bobru. Obec získala název podle Černého potoka, který zde pramení.
Prkenný Důl
V nepříliš husté linii podél Sněžného potoka vznikaly od 16. století jednotlivé stavby Prkenného Dolu. Vodní pohon, jediný ve městě Žacléř, dal možnost vzniku pil, mlýnů a dalších drobných průmyslových objektů, které ovšem postupem doby zanikaly.
S novodobější historií města je spojována i vojenská pevnost Stachelberg (Ježová hora). Přímo v katastru Bobru bylo vybudováno několik menších pěchotních bunkrů. Na hranici "velkého Žacléře" s obcí Babí na vrchu Stachelberg byla vybudována stejnojmenná vojenská pevnost - komplex pevností, největší čs. opevnění svého druhu. Pevnost je v letní sezoně přístupná.